La substance économique (economic substance) signifie qu'une société n'est pas seulement formellement immatriculée à Malte, mais qu'elle y exerce une activité commerciale réelle. En font partie un siège d'exploitation physique (pas une simple boîte aux lettres), des collaborateurs qualifiés ou à tout le moins une main-d'œuvre locale liée contractuellement, et la prise effective des décisions de gestion à Malte. Les exigences de substance varient selon l'activité de la société : une holding a besoin de moins de substance opérationnelle qu'une entreprise commerciale active, mais doit démontrer que les décisions stratégiques sont prises à Malte.
La question de la substance est la pierre de touche de la reconnaissance fiscale d'une structure maltaise par l'administration du pays d'origine. En France, l'administration fiscale examine en particulier le siège de direction effective (une société dirigée depuis la France y est imposable, quel que soit son lieu d'immatriculation) ainsi que les dispositifs anti-abus des articles 209 B du CGI (sociétés) et 123 bis du CGI (personnes physiques). Des contrôles comparables sont effectués par les autorités allemandes, néerlandaises et britanniques. Si la société ne peut démontrer une substance suffisante à Malte, ses revenus risquent d'être rattachés fiscalement à l'associé dans son pays d'origine.
En pratique, l'administration fiscale vérifie des indicateurs de substance typiques : des locaux propres (pas un pur virtual office), du personnel local qualifié, des comptes bancaires tenus à Malte, des conseils d'administration tenus sur place avec procès-verbaux documentés, et une infrastructure informatique locale. Le niveau d'exigence augmente avec la complexité de l'activité. Une entreprise réalisant 2 millions EUR de chiffre d'affaires avec une seule personne à temps partiel sera jugée plus sévèrement qu'une holding à faible activité opérationnelle mais avec des board meetings démontrables à Malte.
