Economische substance (economic substance) betekent dat een vennootschap niet alleen formeel in Malta is geregistreerd, maar daar ook een reële bedrijfsactiviteit uitoefent. Daartoe behoren een fysieke bedrijfsvestiging (geen brievenbus), gekwalificeerde medewerkers of ten minste een contractueel gebonden lokale workforce, en het daadwerkelijk nemen van managementbeslissingen in Malta. De substance-eisen variëren naar gelang de activiteit van de vennootschap: een holding heeft minder operationele substance nodig dan een actieve handelsonderneming, maar moet wel aantonen dat strategische beslissingen in Malta worden genomen.
De substancevraag is de centrale toetssteen voor de fiscale erkenning van een Malta-structuur door de belastingdienst van het thuisland. In Nederland toetst de Belastingdienst vooral waar de feitelijke leiding van de vennootschap wordt uitgeoefend (vestigingsplaats, art. 4 AWR): een vanuit Nederland bestuurde vennootschap wordt geacht in Nederland gevestigd te zijn, ongeacht de plaats van oprichting. Daarnaast geldt voor laagbelaste deelnemingen de aanvullende CFC-maatregel van art. 13ab Wet Vpb. Vergelijkbare toetsen hanteren de autoriteiten in Duitsland, Frankrijk en het Verenigd Koninkrijk. Kan de vennootschap onvoldoende substance in Malta aantonen, dan dreigt belastingheffing over de winst bij de aandeelhouder in het thuisland.
In de praktijk toetst de fiscus typische substance-indicatoren: eigen kantoorruimte (geen puur virtual office), lokale medewerkers met vakinhoudelijke kwalificaties, in Malta aangehouden bankrekeningen, ter plaatse gehouden bestuursvergaderingen met gedocumenteerde notulen, en lokale IT-infrastructuur. De lat ligt hoger naarmate de bedrijfsactiviteit complexer is. Een onderneming met 2 miljoen EUR omzet en één parttimekracht wordt kritischer beoordeeld dan een holding met beperkte operationele activiteit maar aantoonbare boardmeetings in Malta.
